对总部的改造是一个标志。

    在斯通塞弗和康迪特任内，波音的世界总部有种不良风气：自2001年波音将总部从西雅图迁到芝加哥后，总部就变成了高级经理之间相互争夺资源和领导赏识的“精英飞地”。这种争夺最终导致了决策过程中的扯皮和销售败绩。

    2004年11月，空客获得欧洲第三大廉价航空公司——柏林航空公司66亿欧元的订单，后者同意向空客购买110架单通道的A320飞机。此前，柏林航空公司的飞机以波音737为主。2003年3月，柏林航空公司与波音进行谈判，希望波音能按它给予爱尔兰瑞安航空公司的价格购买。双方进行多轮谈判后，波音的销售部门表示能满足柏林航空公司的要求。然而，波音销售部门无权拍板。等到缓慢的请示和批准过程结束时，情况已发生变化。柏林航空公司CEO胡诺尔德做出了另外一个决定。在与空客高层仅进行了90分钟的会谈后，胡诺尔德就签下了这笔大买单，留给波音一个难忘的遗憾。

    更为怪诞的是，在某些时期，即使各业务部门销售下降，总部的成本却依然不断上升。针对总部存在的种种弊端，麦纳尼首先将总部的名称由“世界总部”改为“公司中心”，他说“世界总部”听起来“太霸道”。总部的功能也被大大压缩。其职能定位于主要为波音的两大盈亏中心提供支持，其他职能如法律、公关、人力资源、道德规范、财务等职能将视情精简。

    对管理团队的改造是麦纳尼的另一项要务。

    几年前波音痛失第一并非偶然，管理团队中存在的缺陷（如因内部争斗导致的管理低效）是重要内因。1997年与麦道合并之后多年，波音管理团队的内部分裂就没有弥合过。两家公司之间不同的文化演变成了不同阵营之间的矛盾和冲突，内耗因此产生。以采购为例。按理说，像波音这样的大公司更易于形成规模效益，实际却不然。据了解，波音采购的安全玻璃多达200种，连白纸都有80种。在谈判采购铝和钛时，波音的军用飞机和民航机业务部都是各谈各的，波音因此无法形成协力优势。

    麦纳尼上任后首先花了半年时间深入了解波音。在此基础上，他得出一个结论：这种内部冲突不仅是导致公司道德丑闻的根源，而且也阻碍了经理们采取措施提高效率、削减成本和有效交流思想。

    麦纳尼开出了一个对症处方：对波音的三个业务部实行更有效的中央领导、改革高管薪酬激励制度、鼓励经理们采取种种措施削减成本。除了这些常规措施，还有一些非常规措施，比如鼓励经理们更加坦诚地谈论波音所存在的各种问题。

    在解决内部割据问题后，麦纳尼还准备进一步挖掘波音在供应链方面的规模效益，创建更为高效的研发和产品开发流程。

    2006年初，麦纳尼宣布了四项旨在进一步提高波音生产率和业绩增长的计划。每项计划有一名领导负责，并从各个不同业务部门选择人员组成4个不同的核心小组。

    改革波音研发的重任落在了首席技术官詹姆斯·杰米森身上。为提高波音的研发效率，杰米森准备取消冗余的实验室，并创造一些标准化的工程设计工具。内部标准的不一致已经影响到了波音的某些重大项目，如波音为美军开发的间谍卫星项目。长期以来，由于内部看法不一致，导致该项目虽已耗资数亿美元却仍有很大困难。现在，波音的研发部门开始使用标准化的工具和流程，从而降低了成本，缩短了时间，提高了质量。

    研发的最终目的是盈利。与其前任相比，麦纳尼更善于从商业而不是技术的角度来对待研发。一次，麦纳尼让杰米森解释一下波音787使用复合材料有什么好处。杰米森一开始告诉他复合材料有利于延长材料的疲劳寿命，不会像铝那样遭腐蚀等。麦纳尼打断了杰米森的话，问他采用复合材料对公司、乘客和航空公司有什么好处，因为在麦纳尼看来，技术上的优势并不等同于市场优势，公司不能为技术而技术。麦纳尼的思路，让技术人员茅塞顿开。

    杰米森预期，在麦纳尼领导下，波音还会有更多变化。